Το Ι.ΕΝ.Α.Ε. υπήρξε κατά τα τελευταία χρόνια, λόγω της έλλειψης πανεπιστημιακής εξειδίκευσης στην Ελλάδα, το μοναδικό στη χώρα μας «φυτώριο» νέων επιστημόνων του εξειδικευμένου αυτού πεδίου έρευνας. Μέσα από τις έρευνες του, αλλά και χάρη στα σεμινάρια και τις διαλέξεις που έχει οργανώσει, έχουν εκπαιδευτεί πάνω από πενήντα (50) νέοι αρχαιολόγοι, επιστήμονες άλλων ειδικοτήτων και τεχνικοί σε θέματα υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας.

Το Ινστιτούτο διατηρεί στενή συνεργασία με επιστήμονες και φορείς από όλο τον κόσμο. Συμμετέχει σε ερευνητικά προγράμματα επιχορηγούμενα από την Ευρωπαϊκή Ένωση, μαζί με άλλα ευρωπαϊκά Μουσεία και Ινστιτούτα.

Το Ινστιτούτο υλοποίησε, τον Σεπτέμβριο του 1998, ένα από τα σημαντικότερα προγράμματά του, που υποστηρίχθηκε από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή και αφορούσε στην συντήρηση, μελέτη, δημοσίευση και έκθεση, στο Μουσείο Σπετσών, των ευρημάτων από το Κυπρομυκηναϊκό ναυάγιο του Ακρωτηρίου των Ιρίων, παράλληλα με την διεξαγωγή επιστημονικής ημερίδας στις Σπέτσες για το ίδιο θέμα. Με τον τρόπο αυτό το Ι.ΕΝ.Α.Ε. παραμένει πιστό στην επιστημονική δεοντολογία, που θέλει μια υποβρύχια έρευνα να ολοκληρώνεται με την δημοσίευση των αποτελεσμάτων στην επιστημονική κοινότητα και την έκθεσή των ευρημάτων της στο ευρύ κοινό.